​Целесообразность создания Центра обусловлена большой актуальностью проблем аридизации климата и опустынивания территорий, деградации и разрушения почв. В настоящее время, по данным научных организаций РАН, 65% пашни, 28% сенокосов и 50% пастбищ России подвержены воздействию эрозии, дефляции, периодических засух, суховеев и пыльных бурь. 

Значительных масштабов опустынивание приобрело в Прикаспийском регионе: в Республике Калмыкия этому негативному явлению подвержено 4,4 млн га земель, в Астраханской области – более 4 млн га, в Республике Дагестан – 2,4 млн га. Эта проблема актуальна и для других регионов страны – например, в Волгоградской области площадь подверженных опустыниванию земель составляет 1,4 млн га. 

В результате согласования позиций всех заинтересованных сторон принято решение о создании Центра по борьбе с опустыниванием территорий на базе ФГБНУ «Федеральный научный центр агроэкологии, комплексных мелиораций и защитного лесоразведения Российской академии наук» (г. Волгоград), подведомственного Министерству науки и высшего образования Российской Федерации. Соответствующий приказ Минобрнауки России подписан 16 июня 2021 года.